Ở dạng đơn bội, nấm có 8 nhiễm sắc thể được, ký hiệu là chr1A, chr2A, chr3A, chr4A, chr5A, chr6A, chr7A và chrRA. Bộ đơn bội kia có 8 chiếc tương tự, đặt tên tương tự nhưng với kí hiệu B ở cuối: Chr1B, chr2B,... và chrRB.
Bộ gen của nấm có kích thước khoảng 14 - 16 Mb ở dạng đơn bội. Đại học Stanford đã lắp ráp được ở dạng 14.9 Mb.[8] Bộ gen này đã được giải trình tự tất cả, làm cho nó trở thành một trong ba loài nấm đầu tiên được giải trình tự hoàn toàn (hai loài kia là Saccharomyces cerevisiae và Schizosaccharomyces pombe).
Ngoài ra, trong bộ gen chứa 6198 khung đọc mở (ORF), 70% trong số này chưa được mô tả rõ. Hai chủng thường được sử dụng nhất để nghiên cứu là chủng WO-1 và SC5314. Biến dạng WO-1 đã được xác định là chuyển đổi giữa các dạng trắng với tần số cao hơn (hình 7).
